बाजार में मिलने वाले देसी और हाइब्रिड टमाटरों में बड़ा अंतर होता है.

देसी टमाटर प्राकृतिक तरीके से उगाए जाते हैं, जबकि हाइब्रिड दो किस्मों को मिलाकर तैयार किए जाते हैं.

देसी टमाटर रसदार और ज्यादा स्वादिष्ट होते हैं, जबकि हाइब्रिड टमाटर अक्सर फीके और सख्त होते हैं.

हाइब्रिड टमाटर की पैदावार बढ़ाने और रंग सुधारने के लिए अक्सर दवाओं का उपयोग किया जाता है.

हाइब्रिड टमाटर चमकदार, एक जैसे और जल्दी खराब नहीं होते, जबकि देसी टमाटर थोड़ा टेढ़े-मेढ़े लेकिन रसदार होते हैं.

देसी टमाटर जल्दी गल जाते हैं और सब्जी का स्वाद बढ़ा देते हैं, जबकि हाइब्रिड टाइट होने के कारण देर से पकते हैं.